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不動産売却にかかる税金と「3000万円特別控除」の使い方【長崎の専門家が解説】

こんにちは。住まい∞Labo(株式会社Rich)の那須井です。長崎市を中心に、不動産の売却と相続のご相談を専門にお手伝いしています。
不動産を売るとき、多くの方が気にされるのが「不動産売却でかかる税金はいくらか」という点です。とくに利益が出た場合は譲渡所得税がかかりますが、マイホームなら3,000万円特別控除で税金がゼロになることも少なくありません。本記事では、税金の仕組みと控除の使い方を、長崎の実情を交えてやさしく整理します。
📖 目次
1. 不動産売却でかかる税金は「譲渡所得税」がメイン
不動産を売って利益(譲渡所得)が出たときに、その利益に対してかかるのが譲渡所得税(所得税・住民税・復興特別所得税)です。ポイントは、「売れた金額」ではなく「儲かった金額」に課税されること。買ったときより高く売れて初めて税金が発生します。
このほか、売買契約書に貼る印紙税や、抵当権を抹消する際の登録免許税などもかかりますが、金額の大きさで注意したいのはやはり譲渡所得税です。まずはこの仕組みを押さえましょう。
2. 譲渡所得の計算方法(取得費・譲渡費用)
譲渡所得は次の式で計算します。
譲渡所得 = 売却価格 −(取得費 + 譲渡費用)
- 取得費:買ったときの価格や購入時の諸費用(建物は減価償却を差し引く)
- 譲渡費用:仲介手数料、解体費、印紙代など売るためにかかった費用
注意したいのが、取得費が分からない(購入時の契約書がない)ケースです。この場合は「売却価格の5%」を概算取得費とできますが、実際より低くなり税金が増えがちです。古い家や相続した不動産では、購入時の資料を探すことが節税の第一歩になります。
3. 所有期間で税率が変わる「5年の壁」
税率は、売った年の1月1日時点の所有期間で大きく変わります。
| 区分 | 所有期間 | 税率(合計) |
|---|---|---|
| 短期譲渡 | 5年以下 | 約39.63% |
| 長期譲渡 | 5年超 | 約20.315% |
同じ利益でも、5年を境に税率がほぼ倍違います。売り急ぐ理由がなければ、この「5年の壁」を意識するだけで手取りが変わることがあります。相続した不動産は、亡くなった方が取得した日を引き継いで所有期間を計算できる点も覚えておくと安心です。
4. マイホームの「3,000万円特別控除」の使い方
自分が住んでいた家(マイホーム)を売る場合、譲渡所得から最高3,000万円を差し引ける特別控除があります。利益が3,000万円以内なら、税金がかからないケースが大半です。主な要件は次のとおりです。
- 自分が住んでいた家であること(住まなくなってから3年目の年末までに売る)
- 親子・夫婦など特別な関係者への売却ではないこと
- 前年・前々年に同じ特例を受けていないこと
さらに所有期間が10年を超える場合は、軽減税率との併用でいっそう有利になることもあります。住み替えを検討中の方は、まず査定で利益の見込みを把握しておくと判断しやすくなります。
5. 相続した空き家に使える「3,000万円控除」
マイホームの特例とは別に、相続した空き家を売るときにも最高3,000万円を控除できる特例があります(適用期限は2027年末まで)。長崎のように空き家の相続が多い地域では、とても役立つ制度です。主な要件は、
- 1981年(昭和56年)5月31日以前に建てられた家であること
- 相続時に被相続人が一人で住んでいて、その後空き家であること
- 耐震改修をするか、取り壊して売ること(買主が翌年2月15日までに行う場合も対象)
なお、相続人が3人以上の場合は1人あたりの控除が2,000万円に縮小されるなど細かな条件があります。「使えるかどうか」の判断は、相続の手続き状況ともあわせて確認しましょう。
6. 確定申告を忘れずに|使うときの注意点
見落としやすいのが、特別控除を使って税金がゼロになる場合でも、確定申告は必要という点です。申告して初めて控除が適用されます。売却した翌年の2月16日〜3月15日に、必要書類をそろえて申告しましょう。控除の要件は細かく、物件やご事情で変わるため、利益が大きくなりそうなときは税理士など専門家への確認が安心です。
よくある質問(FAQ)
Q. 売れば必ず税金がかかりますか?
A. いいえ。利益(譲渡所得)が出た場合にかかります。取得費や譲渡費用を差し引いて利益が出なければ、譲渡所得税はかかりません。
Q. マイホームの3,000万円控除と軽減税率は一緒に使えますか?
A. 所有期間が10年を超えるなど条件を満たせば、控除後の金額にさらに軽減税率を併用できる場合があります。
Q. 相続した実家を売る場合、どちらの3,000万円控除ですか?
A. 相続空き家の特例(要件あり)が対象になり得ます。ご自身が住んでいた場合はマイホームの特例です。状況により変わるためご相談ください。
Q. 税額の目安を知りたいのですが。
A. まず売却価格の見込み(査定)と取得費の確認が必要です。無料査定とあわせて、おおよその税負担の見通しもご案内できます。
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※本記事は2026年7月時点の一般的な解説です。税率・控除の要件は改正や個別のご事情により異なります。具体的な税額・適用可否は税理士等の専門家、または当社へご確認ください。


